Почему в россии звание "гражданин" считалось почетным?

Потому что гражданин обладает правами,
а большинство население на те времена являлись крестьяне,
у которых не было прав и свободы.

Происхождение слова гражданин обязано старославянскому языку,
в котором оно имело смысл как «житель за ограждением, за оградой,
в граде». В отличие от родного для русского языка слова горожанин
оно использовалось в смысле горожанина, имеющего какие-то права.
В Российской империи слово «гражданин» использовали в текстах
для обозначения «городского обывателя», в смысле человека,
проживающего в городе, горожанина, для отличия его от крестьянина,
имеющего место жительства в деревне.