Многие деревни и сёла в России имеют название «Горки». Как вы думаете, они действительно были на горе?

Не обязательно. Они могут быть расположены на высоком берегу реки, или на холме, или вообще на островке. Такие значения слова "горка" зафиксированы в русских словарях и книгах, начиная с 16 века