Миллионы лет развитие природы этих двух материков Америки шло самостоятельно. Почему?

Потому что Северная Америка была частью Лавразии, а Южная Америка – Гондваны.
Связь с  Северной Америкой через Панамский  перешеек образовалась лишь в середине кайнозойской эры при образовании Кордильер. Соединяет материки молодой в геологическом отношении, длинный и узкий Панамский перешеек, через который прорыт Панамский канал. Граница между Северной Южной Америкой проводится по Панамскому каналу.