Паукообразные являются раздельнополыми животными. Половые железы лежат в брюшке и в наиболее примитивных случаях парны. У паукообразных появилось внутреннее оплодотворение. Большинство из них откладывает крупные, богатые желтком, защищённые паутинным коконом яйца. В коконе происходит эмбриональное развитие. Постэмбриональное развитие у всех паукообразных, за исключением клещей, прямое — без образования личинки. У многих скорпионов и у некоторых клещей наблюдается живорождение