Палеонтологические (окаменелости, древние ископаемы, отпечатки), данные сравнительной анатомии (рудименты и атавизмы, сходство во внутреннем строении разных организмов), сходство эмбриологического развития, наличие переходных форм (археоптерикс, первозвери).