Чтобы задать вопрос в past simple, мы ставим на первое место did, после него подлежащее, потом основной глагол. в предложении "was it serious? " на первом месте идёт основной глагол, потом подлежащее, расстановка совсем другая и отсутствует "did", почему ?

Мы задаёт этот вопрос так, потому что глагол "be" в английском языке не требует вс глагола.
Приведём пример в наст.времени (чтобы было легче понять):
1) You brush your teeth every day. Do you brush your teeth every day?
2) She is clever. Is she clever? Тут вс глагол не требуется...
Приведём пример в пр.времени:
1) He went to the theatre yesterday. Did he go to the theatre yesterday?
2) It was serious. Was it serious?

Удачи в учёбе!