Репродуктивный критерий обусловливает репродуктивную (генетическую) изоляцию одного вида от других, даже близкородственных. Все виды имеют особые механизмы, защищающие их генофонд от притока чужеродных генов. Это достигается главным образом особенностями генотипа у особей каждого вида — количеством и строением его хромосом. Генетический критерий очень важен, так как именно он контролирует репродуктивную изоляцию вида.