"скорей всего, да" или "скорей всего-да"

Первый вариант правильный

Во-первых, "скорей всего" - это разговорное употребление, а "скорее всего" - общеупотребительное. 
Во-вторых, "скорее всего" - это вводное слово, обособляется с двух сторон запятыми в середине предложения и с одной стороны, в начале, конце предложения, соответственно. Скорей всего, да. Обособление идет с одной стороны.