Пробежите или пробегите
как правильно?​

Оба варианта верные. Всё зависит от контекста.

1) Когда вы пробежите 5 километров, у вас откроется второе дыхание.  ИЛИ: Так вы пройдете или пробежите это расстояние? ИЛИ: За то время, что вы пробежите километр, черепаха пройдёт от силы десять метров (глаголы стоят в изъявительном наклонении, приказа или совета бежать нет)

2) Пробегите 5 километров - и у вас откроется второе дыхание. (глагол стоит в повелительном наклонении, мы даём совет человеку пробежать километр)

правильный ответ пробегите!