Почему в слове зелень буква е не считается за два звука , как еэ ?

Так как нет  "й" или разделительно мягкого или твердого знака

- стоит после согласного;
- стоит не в начале слова;
- стоит не перед ь;
- стоит не перед ъ.

Е стоит после согласного, указывает на мягкость предыдущего согласного звука и обозначает один звук  е - [э].