Почему там пишется е? ? в течение долгого времени? )

Потому что предлог " в течение" имеет значение времени. 

В учебниках русского языка, написанных ещё советскими филологами, сказано, что правильно писать "в течениИ реки", но "в течениЕ недели", т. е. "в течениЕ" пишется когда. идет речь о времени "в течение 2 часов" и пр. (в фразе "в течение года" слова "в течение" выступают в качестве наречия) . Если же слово "течение" употребляется как существительное в одном из своих значений, то в предложном падеже это слово пишется с окончанием "-И": в течениИ реки.