Не могу понять почему, может объясните? --и лишь одно оставалось неудобным. слово неудобным пишется с не слитно, но почему?

В этом предложении нет противопоставления с союзом "а", слово неудобный можно заменить синонимом без "не" т. е. неудобный - "дискомфортный". все.
удачи тебе:)