Как правильно ? когда я первый раз зашел на проект, я не понимал что делать ( ставить запятую или нет ? )

Верно: Когда я первый раз зашел на проект, я не понимал, что делать.
Схема: (когда - =), [- =], (что =).
Таким образом, здесь сложноподчиненное предложение с параллельным соподчинением придаточных частей (обстоятельственной /когда я первый раз зашел на проект/ и изъяснительной (что делать)).

Да ставить, так как у тебя союз когда)