Чем отличаются падежные окончания слов на ие ий от падежных оканчаний слов на ия

Существительные на -ИЯ, действительно, в родительном, дательном и предложном оканчиваются на -ИИ.

Существительные на -ИЙ, ИЕ в родительном и дательном имеют окончания, отличные от -ИИ (-ИЯ, -ИЮ) , и только в предложном -ИИ.

Таким образом, просклоняем слово "окончание":
Им. п. окончанИЕ
Род. п. окончанИЯ
Дат. п. окончанИЮ
Пр. п. окончанИИ