Чем отличается словосочетание от сочетания подлежащего со сказуемым?

Подлежащее и сказуемое - это основа предложения. Основа предложения не является словосочетанием. В словосочетании одно из слов - командир, от него задаётся вопрос к зависимому слову словосочетания. Подлежащие и сказуемое оба являются командирами, т. е. от каждого из них можно задать вопрос к другому, в этой паре зависимого слова нет.