Бессоюзное сложное предложение и ставить (,)
1) А в воде около матовых мыльных кругов суетятся рыбешки качаются зелёные водоросли.
2) Ему пришло на мысль а если жена в самом деле поедет за границу о чём она страстно мечтала в течение последних двух месяцев