Может ли самостоятельность быть отрицательным качеством?

Нет, самостоятельность позволяет оценивать последствия поступков с точки зрения максимальной выгоды. Это видно и в жизни. Слишком часто люди в коллективе не могут договориться о чем-то конкретном, и они выбирают лидера, капитана, который  руководит ими (похоже на государство во главе с президентом). Но капитан-то, лидер-то, он действует самостоятельно! Всегда причем. Так что самостоятельность ни в коем случае не может быть отрицательным качеством.