38-летний гражданин решил участвовать в выборах главы городской администрации в качестве кандидата, но в приеме документов в избирательной комиссии ему отказали, сославшись на то, что он проживает на территории муниципального образования менее 5 лет. правомерен ли отказ?

Нет, отказ неправомерен. Проживание на территории РФ более 5 лет распространяется только на  натурализацию - приобретение гражданства. Если ты гражданин этого государства, то имеешь право свободно проживать на любой части её территории и принимать участие в выборах на любой части её территории.