"лепый","нелепый" являются производными от общеславянского lěpyi «красивый, хороший», того же корня, что лепить. Нелепый первоначально — «некрасивый» («без румян, краски и “лепки”»), затем — «нескладный» и «неразумный», а лепый соответственно красивый, складный, сформированный
Один корень. Одно значение слов