Паруса в принципе всегда белые. И алый цвет, выбранный автором - как символ сказки, чуда, символ любви. Волшебной и фееричной, если хотите. Поскольку сама история больше похожа на сказку, то и символ её, проходящий через всю канву рассказа, должен быть соответствующий.
В том, что Ассоль верила, что за ней приплывёт принц на корабле с "Алыми парусами". Алый цвет парусов автор выбрал как символ сказки, чуда, веры и любви.