Почему пушкин наделяет пугачева многими положительными качествами?

Потому что Пушкин принадлежал к обществу декабристов, и ему близок был их бунтарский дух против царя. Вспомнить стихотворение "Во глубине сибирских руд..."

Хотя, как показывает время, декабристы были неправы. Пугачев оказался лишь инструментом в руках более хитрых людей-интриганов. 
Пушкин, зная это, показал в "Капитанской дочке" трагедию восставших.

революцию начинают идеалисты, 
проводят откровенные бандиты, а пользуются результатами шулеры и авантюристы.