Почему 11 класса начинается с изучения атома?

Потому что вся наука химии основана на изучении веществ и их свойств. Эти вещества состоят из молекул, а молекулы из атомов. Отсюда мы делаем вывод, что в какой класс мы бы не перешли, будь это 8, 9 или 10 (не важно), мы всегда будем изучать атомы и действия с ними.