Руководствуясь свидетельствами Гомера, предположил, что древняя Троя находилась под холмом Гиссарлык и подтвердил это предположение раскопками (с 1870). В 1873 г. нашел, по его словам, крупный комплекс предметов, названный им «Кладом Приама». В 1876 г. обнаружил шахтовые гробницы в Микенах — первое свидетельство существования микенской культуры. Хотя сам Шлиман относил найденные им памятники к эпохе Троянской войны, многие из них гораздо древнее (III—II тыс. до н. э.). Его раскопки положили начало изучению древнейшего этапа истории Греции и культур Эгейского моря.