Историческое наследие енисейских кыргызов претендуют два тюркоязычных народа: хакасы и кыргызы. Этническая история енисейских кыргызов стало полем дискуссии хакасских и кыргызских историков. Кыргызские ученые обычно гибель Кыргызского каганата связывают с вторжением армии Чингисхана, затем Хубилая и переселением кыргызов в Тянь-Шань. Проблема зарождения Кыргызского государства на Енисее чрезвычайно актуально в связи с тем, что это первое самостоятельное государство на территории Сибири.