Что было причиной отступления красной армии в начале войны?

Ух, да тут великое множество причин. Ну хотя бы эти:
Репрессии высшего командного состава (Тухачевский и К)
Слабая подготовка и техническая отсталость (немецкие Pz IV против наших Т-26 и Т-28, с самолётами та же история)
Неготовность к войне вообще. Руководство страны не думало, что придётся воевать с Германией. Войска были разбросаны по территории страны.
Бешеный напор немцев, реализующих свой блицкриг.

У Москвы их задержали только ценой неимоверных (без преувеличения) усилий. Только осознание того, что дальше отступать ну просто уже некуда советским солдатам остановить немцев.
Ну а после наши потихоньку научились воевать и дальнейший результат всем известен. Не зря говорят, что Россия долго запрягает, но быстро едет)