Почему с микроскопа нельзя увидеть атом

Увидеть с обычного света нельзя. Потому что размеры атома  меньше длины волны света.
Так что увидеть  атомы можно только с специальных приборов:  туннельный микроскоп или атомно-силовой микроскоп.

Потому что длинна волны сильно больше размера атома, свет просто огибает отдельные атомы.
но на электронных микроскопах рассмтреть таки можно. за счет резонансного рентгеновского излучения самого рассматриваемого матриала.