Почему энергия в электромагнитных колебаний в колебательном контуре теряется

Потому что энергия ЭМ-колебаний - это ведь скачки "туда-сюда" заряженных частиц в проводниках. Вот, например, в случае постоянного тока что происходит? Когда ток идёт через по проводам через резистор, то через резистор и провода выделяется тепло. С переменным током то же самое - через катушку и провода постепенно выделяется тепло. Выделяется оно и в конденсаторе - это так называемые диэлектрические потери. Меньшие потери составляет излучение ЭМ-волн (в закрытом контуре тоже происходит излучение, хоть и гораздо меньшее, чем в открытом).