Чем связаны понятия "молекула" и "атом"?

Молекулы состоят из более мелких частиц атомов

Молекула состоит из атомов. 
Атом меньше, в одной молекуле может быть несколько атомов (пример - 2 атома водорода и один атом кислорода = молекула воды)