Під електронним мікроскопом клітини ціанопрокаріот схожі на бактерії. Проте є суттєва відмінність: в клітинах ціанопрокаріот знаходяться сплощені мембранні мішечки, у які вбудовані молекули хлорофілу. Вони мають хлорофіл, але не мають хлоропластів. Вони роблять всю клітину ціанопрокаріот схожою на окрему органелу рослинної клітини — хлоропласт.