Центральна нервова система складається з головного і спинного мозку, від якого відходять нерви. У головному мозку, який має п'ять відділів, найкраще розвинений мозочок, що відповідає за координацію рухів. У риб складна інстинктивна поведінка, утворюються умовні рефлекси.