Согласно этой теории в прошлом митохондрии и пластиды являлись самостоятельными прокариотами, перешедшими позднее к эндосимбиозу с другими клеточными организмами. Митохондрии и пластиды имеют собственную кольцевую молекулу ДНК, рибосомы мелкого размера и способны делиться.