Во времена Менделя биологическая наука еще не располагала сведениями о механизмах деления клеток и о роли хромосом в наследственности. Научная прозорливость Менделя позволило ему опередить свое время: для объяснения результатов опытов по наследованию он предложил гипотезу чистоты гамет. Открытие митозе и мейоза подтвердили верность этой гипотезы, которая стала теорией. Мендель предположил, что проявление признаков обуславливает отдельные наследственные факторы, передающиеся от родителей потомкам с гаметами. Каждый фактор может существовать в двух взаимоисключающих формах – аллелях. Один аллель гибриды получают от отца, другой аллель – от матери. Таким образом, в каждом растении гороха есть два аллельных гена, влияющие на окраску семян.