В настоящее время для изучения клеток ученые пользуются различными методами. Метод микроскопии дает возможность детально изучать внешний вид клеток, их микроструктуру. В световой микроскоп можно увидеть довольно крупные органоиды, например ядро, митохондрии, хлоропласты. Электронный микроскоп дает увеличение в 1000 раз больше, чем световой, что позволяет детально рассмотреть структуру отдельных органоидов. С помощью физико-химических и биохимических методов изучены органические и неорганические вещества живого, их функции и путь превращений в клетке. Применение методов культуры клеток и тканей позволило наблюдать за ростом и размножением клеток вне организма, выделять факторы роста, определять влияние различных веществ на клетки, получать клеточные гибриды путем слияния клеток.