Функциональных подсистем всего в России около тридцати. В частности, к ним относятся подсистемы: наблюдения и контроля за стихийными, гидрометеорологическими и гемофизическими явлениями и состоянием окружающей среды на базе Росгидромета; охраны лесов от пожаров на базе Федеральной службы лесного хозяйства РФ; контроля обстановки на потенциально опасных объектах на базе Госгортехнадзора России и Госатомнадзора России; сейсмологических наблюдений и прогноза землетрясений на базе Российской академии наук и т. д.