Как же тогда в природе нагревается воздух над поверхностью Земли?

Воздух прозрачен. Поэтому, когда через него  проходят солнечные лучи, он не нагревается. Но солнечные лучи хорошо нагревают поверхность планеты.
А затем тепло, исходящее от нагретой поверхности, нагревает воздух. В результате, чем ближе к земной поверхности, тем воздух теплее.