На наш взгляд можно дать следующий ответ: оба варианта защиты семян по своему хороши, т.к. шишка и плод - это способы защиты выработанные в процессе эволюции и адаптации. И, если бы кокой-либо из них был бы лучше или хуже, то мы бы с Вами не наблюдали или голосеменные растения, или покрытосеменные.