Чем отличается на рабочем столе значок папки от ярлыка?

Значки указывают непосредственно на программу или иной объект, неразрывно с ними связаны и подвержены тем же изменениям. Любые действия с ними приведут к изменению состояния объекта.
Ярлыки на рабочем столе являют собой ссылки на программу, файл или другой объект, представленные в виде значка. Манипуляции с ними никакого влияния на объект не оказывают.