Своей формой и способностью трансформироваться белковые молекулы во многом обязаны уже упомянутым водородным связям. Химические свойства макромолекул обусловлены свойствами активных центров на их поверхности. Они проявляются только в отношении молекул определённой формы. Остальная часть массы белковой молекулы химически нейтральна и предназначена для регуляции течения реакции.