Санитарная роль, очищают воду в водоемах, являются пищей для многих животных, играют большую роль в почвообразовательных процессах. Радиолярии и кокколиты, отмирая, образуют залежи известковых пород, входящих в состав земной коры.Среди протистов есть паразиты животных и людей. Малярийный плазмодий, поселяясь в эритроцитах крови человека и разрушая их, вызывает тяжелое заболевание-малярию.