Мітохондрії здійснюють синтез АТФ, що відбувається в результаті процесів окислення органічних субстратів і фосфорилювання АДФ. У клітинах окислення і виділення енергії, що звільняється в результаті цього процесу, проходять кілька взаємозалежних етапів. При цьому в якості початкових субстратів використовуються різні вуглеводи, жирні кислоти, амінокислоти. Перші етапи окислення призводять крім утворення АТФ до появи проміжних продуктів, кінцеве окислення яких в мітохондріях дає можливість клітині використати цей процес для синтезу основної кількості АТФ.