Всегда ли по фенотипу можно определить генотип?

Нет, не всегда. Допустим, доминантные аллели - это у нас красные уши (А) и зеленые глаза (В), а рецессивные - синие уши (a) и карие глаза (b). Если фенотип нам скажут, например. Дана особь с красными ушами и зелеными глазами, мы можем понять и как AaBb, и как AABb, и как AaBB - и все это будут особи с красными ушами и зелеными глазками

Нет, не всегда.
Например:
А - длинная шерсть
а - короткая шерсть
B - белая шерсть
b - серая шерсть

• АаBb - длинная и белая шерсть
• AABB - длинная и белая шерсть
Генотип разный, а фенотип одинаковый.