Почему по одному критерию нельзя судить о видовой принадлежности организма?

Потому что различные виды часто бывают схожи между собой по самым разным признакам, как по внешним, так и по внутренним. Например,  рога есть и у оленя, и у жука-оленя; крылья - у бабочек, стрекоз, голубей и летучих мышей; полосатая окраска - у колорадского жука, зебры, тигра. Если бы критерием мы считали только внешний облик животного, мы бы никогда не смогли определить, к какому виду он относится, каковы его родственники.

Короче говоря, природа часто использует одни и те же для достижения определенной цели, т.е. животные могут при к определенным условиям одинаковыми методами, при этом может происходить перестройка как внешних, так и внутренних систем. Так, например, случилось с птицами и летающими насекомыми(жуками, шмелями, пчелами), и у тех и у тех появились воздушные мешки, однако об их родстве, разумеется, говорить нельзя.