Почему дыхание всей поверхностью тела и дыхание с трахей используют преимущественно мелкие животные?

Потому что маленкое тело проще обеспечить необходимым количеством кислорода. А с кожного и трахейного дыханий в организм поступает не намного меньше кислорода, чем при лёгочном дыхания.