В сельском хозяйстве ферменты применяются для приготовления кормов, а также улучшения их усвоения животными. Все шире ферменты используются для приготовления лекарственных средств, а также в медицине при диагностике. Кроме того, ферменты применяют в научных исследованиях, для установления структуры некоторых соединений, в частности белков и НК, их биосинтеза, для изучения организации субклеточных структур, в качестве аналитических реагентов и в других целях.