Клетка - безусловно, система, потому что она состоит из различных составных частей (стенка, мембрана, цитоплазма, ядро) и т.д. и функциональных связей между ними (стенка отгораживает содержимое клетки, цитоплазма наполняет клетку, в ядре хранится ДНК и синтезируются белки, и т.д.).