Чем различаются рудиментарные органы и атавизмы; что у них

Рудименты - это органы, которые остались нам от предков и редуцировались (третье веко, аппендикс)
Атавизмы - это "недочеты", которые могут появиться у новорожденного, также с вязаны с предками, но свойственны не всем людям. например, некоторые дети рождаются с хвостами или с несколькими парами сосков.
в этом и разница, что рудименты свойственны каждому человеку, а атавизмы могут проявиться у некоторых из новорожденных. 
Многососковость или густой волосяной покров, боковые пальцы у коней. Гены, которые отвечают за данный признак, сохраняется в эволюции данного вида(это есть схожестью между атавизмами и рудиментами, что и те и другие сохраняются в эволюции).