Цель метода селекции межлинейной гибридизации

Селекция- наука о методах создания новых и улучшении существующих пород животных, сортов растений

При межлинейной гибритизации получают так называемый эффект Гетерозиса 
(т. е. увеличение жизне гибридов вследствие унаследования определённого набора аллелей различных генов от своих разнородных родителей) . Для этого собственно и применяют. Но это только один из методов. 
А применяют в основном в селекции, т. к. у животных этот метод дает мало результатов. 
Кстати, недостаток такого метода в том, что в следующих поколениях эффект гетерозиса постепенно снижается.