Вопросы в можно начинать со слов "by " например, "by who a bunch of flowers was given? "

Нет, вопрос будет поставлен не корректно, лучше всего начинать вопрос такого типа с Who и в конце вопроса ставить by
Пример: "Who a bunch of flowers was given by?"

Нет. Who gave a bouquet of flowers? так будет правильно