В чём разница между were where you и !!

Разницы нет, обычно они означают то же, но «were where you» в , а «where have you been» в настоящем времени.

пример:

"Джон, где ты был ночью?"

'"Джон, где ты был последние несколько часов?"

'John, where were you last night?'

'John, where have you been for the past few hours?