Правильно ли писать "the team works on it" ? или будет правильней "the team is working on it"?и используется ли works в таких случаях?

Смотря в каком контексте. Если имеется в виду просто факт — команда работает над этим — то нужен Present Simple. Например, когда нужно сказать в целом, что команда над чем-то работает. Не рассматривается конкретный случай. Схожими по принципу предложения будут: "Мой папа работает в кафе", "ученые занимаются такими-то исследованиями", "я хожу в школу" и прочее. То есть не в данный момент это происходит, а можно сказать, регулярно.

Но когда у вас есть реальный случай, то нужен Present Continuous. К примеру, вы обратились к поддержке какого-то сервиса с устранить проблему. Вы получите такой ответ: "Команда работает над этим" — The team is working on it. Могу сказать, что чаще всего в контекстах именно нужен Present Continuous, хотя, как я писала выше, не исключено и использование Present Simple.

Таким образом, Present Simple используем тогда, когда нам нужно в целом описать какую-то деятельность. Present Continuous стоит использовать в случаях конкретной ситуации, когда идёт акцент на продолжительности действия (команда "есть работающей", а не просто работает каждый день или каждую субботу, например).